Bien que le mot ait été forgé par un psychologue, homophobie n'est pas un terme de psychiatrie. Il n'existe pas "d'homophobie pathologique". Pour la théorie analytique, une homophobie profonde pourrait cependant être liée à une homosexualité refoulée, c'est-à-dire des sentiments homosexuels contrariés. Certains estiment que le terme d'homophobie, étymologiquement inexact (ce n'est en effet pas la peur de l'identique mais la peur de l'homo(sexualité)), constitue plutôt un terme utilisé par les associations homosexuelles pour désigner toute attitude d'agression ou de rejet à l'encontre des homosexuels ou de l'homosexualité. En ce sens, l'homophobie peut être apparentée à la xénophobie. Le terme homophobie peut donc sembler être politiquement campé et non pas une définition officielle en psychologie.
L'homophobie n'a pas non plus de définition légale dans tous les pays. En France, la loi de modernisation sociale votée sous la gauche début 2002 a interdit officiellement toute discrimination à l'embauche ou dans le monde du travail (déroulement de carrière, harcèlement...) basée sur le rejet des homosexuel(le)s. Depuis, deux amendements à des lois anti-discriminations existantes ont été adoptées le 31 décembre 2004, réprimant les propos homophobes tenus publiquement (au même titre que les propos xénophobes, racistes, sexistes, handiphobes, etc.) La loi ne précisant pas le terme "homophobe", doit être compris comme tel tout propos qu'un jugement aura déclaré être homophobe. Les adversaires de cette législation accusent les homosexuels de censure. Au Canada, le député homosexuel Svend Robinson tenta en 2002 de[ faire introduire une loi (C-250) interdisant toute publication négative envers les homosexuels, notamment certains passages de la Bible, du Coran et de la Torah. Les défenseurs des libertés civiles ont néanmoins empêché cette législation jugée répressive. Cette loi a été entérinée au Sénat canadien en mai 2004 avec amendements.
En Afghanistan, Arabie saoudite, Iran, Nigeria, Mauritanie, Soudan et Yémen, les actes homosexuels sont encore passible de la peine de mort, par exemple l'Iran où deux adolescents ont été pendu le 19 juillet 2005, ou au Nigeria depuis 2007, 18 personnes risquent la peine de mort.
En Algérie, Bangladesh, Botswana, Cameroun, Chine, Congo, Équateur, Éthiopie, Îles Fidji, Guyana, Jamaïque, Kenya, Libye, Malaisie, Maroc, Mozambique, Nicaragua, Nigeria, Oman, Pakistan, Nouvelle-Guinée, Singapour, Sri Lanka, Syrie, Tanzanie, Togo, Zambie les actes homosexuels sont puni d'emprisonnement, de quelques mois à la perpétuité.